Развязанная фашистской Германией Вторая мировая война на несколько лет притормозила культурные и научные контакты между странами. Но несмотря на тяжёлое для государства время, ВОКС продолжал развивать гуманитарные связи — пусть и в более усечённом виде, чем в довоенный период.
Деятельность обществ и союзов друзей СССР на оккупированных немцами территориях находилась под запретом. В связи с этим общественные организации друзей Советского Союза помогали бороться с фашизмом, вступая в движение Сопротивления.
ВОКС совместно с зарубежными обществами дружбы организовали агитационную работу, распространяя материалы, в которых рассказывалось о подвигах советского народа в борьбе с захватчиками, а также о зверствах гитлеровцев на захваченных территориях. Всесоюзное общество издавало сборники на иностранных языках, где говорилось о разрушении или осквернении фашистами таких архитектурных памятников, как усадьба писателя Льва Толстого в Ясной Поляне, дом композитора Петра Чайковского в Клину, Петергоф под Ленинградом.
В годы Великой Отечественной войны ВОКС активно задействовал организационную базу, которая создавалась многие годы до этого. В частности, Всесоюзное общество по своим каналам передало воззвание советских учёных к коллегам по всему миру с просьбой оказать помощь СССР в борьбе с нацизмом:
«Мы, учёные СССР, обращаемся к учёным, к интеллигенции всего мира с призывом сплотить свои силы для борьбы против гитлеризма — злейшего врага культуры и науки… На нас — учёных — лежит долг: найти способ противодействовать обезумевшим фашистам в их злоупотреблении достижениями науки и техники… Мы, учёные всех стран, должны отдать все силы и знания этой борьбе против самой страшной тирании, которую знает история,— против гитлеризма».
— Воззвание советских учёных, переданное через ВОКС
Героическая борьба советского народа с нацизмом способствовала тому, что в мире росли симпатии и поддержка СССР и, как следствие, возникали новые организации друзей Советского Союза. В 1941 году в Индии под патронажем Рабиндраната Тагора развернулось движение дружбы и солидарности с Советской Россией. Через год в далёкой от войны Мексике было создано общество «Друзья сражающегося Советского Союза».
Судьба наиболее активных представителей движений дружбы с СССР, на чью долю выпала участь оказаться на оккупированных фашистами территориях, складывалась порой трагично. Например, крупнейший французский учёный-физик, создатель теории диамагнетизма и парамагнетизма, президент общества «Франция — СССР» был пойман гестапо, его родственники попали в концлагеря или были убиты. Но, несмотря на все тяготы и лишения военного времени, люди надеялись на скорую победу союзных войск антигитлеровской коалиции.
Своеобразным орудием, направленным на борьбу с фашистской Германией, служило и искусство. В 1941 году в блокадном Ленинграде был создан один из музыкальных шедевров XX столетия — знаменитая Седьмая, или «Ленинградская», симфония Дмитрия Шостаковича. Это произведение прозвучало во многих странах мира благодаря ВОКС, который организовал передачу копий симфонии в Англию, США и другие государства по своим каналам.
«Посылаем Вам заснятую на фотопленку 7-ую Симфонию Д. Шостаковича — партитуру и голоса (негатив). С него можно отпечатать любое количество фотокопий. Просим нам телеграфировать, где и когда она будет исполняться».
— И. Зотов, зам. председателя правления ВОКС, 28 марта 1942 г.
Симфония звучала в самых отдалённых уголках планеты, позволяя слушателям прочувствовать весь накал страстей и ужасы войны, испытываемые советскими людьми в блокадном Ленинграде.
ВОКС тесно взаимодействовал с зарубежными организациями, созданными для оказания помощи и поддержки Советскому Союзу, — среди которых были Национальный совет американо-советской дружбы и Общество культурных связей между народами Британского содружества и СССР. Через Всесоюзное общество в этих странах организовывался показ советских фильмов, фото- и книжные выставки, распространение плакатов. С помощью ВОКСа были налажены поставки в СССР медикаментов и оборудования для госпиталей, приобретённых на средства граждан сочувствующих стран.
Всесоюзное общество не ограничивалось только контактами с заграницей. Сотрудники ВОКСа выезжали на фронт: выступали перед бойцами Красной армии, передавали им подарки, присланные от различных зарубежных организаций. До советских солдат доходили и письма простых иностранных граждан:
«Пусть шапка, сделанная мною, даёт тепло твоей молодой и отважной душе, и возможность уничтожить врага всего человечества. Будь здоров. Напиши хоть пару слов, когда получишь этот скромный подарок от меня».
— Анна Казняц, Нью-Йорк, 2 февраля 1942 г.
